在家兔的生产繁殖过程中，常常会遇到一些带有生理缺陷的个体，这些生理缺陷轻则造成家兔体弱多病、生产力低下，重则造成家兔死亡。因此，在家兔的育种过程中应尽量淘汰这些有生理缺陷的个体，以免给以后的生产带来不应有的损失。
1．侏儒兔
家兔的脑垂体先天性发育不良，导致家兔的个体很小，一般只有正常个体大小的1/3。这种家兔虽然可以存活，但发育不良，个体比普通家兔的个体小得多。
2．先天性垂耳兔
家兔除了失去原有的品种特征外，并无其他不良表现，所以，只要不是用做育种兔，影响并不大。
3．牛眼兔
又叫水肿眼兔，患兔的主要特征是眼睛像牛眼一样，圆睁而且突出。“牛眼”可以发生在两眼，也可以发生在单眼。伴随着眼球的变化，这种公兔的繁殖机能明显低下，如精子数量明显减少，甚至无精子。
4．白内障兔
家兔出生后不久眼睛就出现“白内障”，眼球晶体后壁出现混浊，到5～9周龄时眼球全部混浊，家兔的眼睛失明。
5．下颌畸形兔
家兔的下颌畸形生长，下颌前移，门齿咬合错位，使家兔无法正常采食。病情严重时家兔常常因饥饿而死亡。
6．短肢畸形兔
家兔的四肢都非常短，依其症状可分以下三种情况：第一种是患兔的四肢很短，头短宽且略呈方形，舌头经常伸出口外，胸廓短而且呈喇叭状，腹部膨大；第二种是患兔的四肢很短，但舌头不伸出口外，肌肉丰满，长骨明显变形，骨干末端变宽变短，骺骨和甲状腺软骨过度生长；第三种是患兔的四肢变短，髋臼和股骨畸形，家兔出现严重跛行的症状，耳根处有一乳头状突起。
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