新型环状DNA测序工具示意图。该测序工具将帮助科学家更好地了解细菌、病毒以及人与植物细胞中环状DNA的工作原理。
（图片来源：Devang Mehta）
加拿大阿尔伯塔大学（University of Alberta）的生物学家发明出一种可以对环状DNA测序的新工具，这将为科学家提供更丰富、更准确的数据，有助于推进病毒、农业甚至癌症方面的研究。
该工具名为“CIDER-Seq”，它使用一种名为PacBio的DNA测序技术。这种技术由阿尔伯塔大学的研究人员在网上提供给其他科学家使用，同时还提供分析DNA序列的分步实验室和计算机协议。
论文第一作者、博士后Devang Mehta说：“有了我们发明的CIDER-Seq，我们可以开始了解这些神秘的环状DNA在人类和植物细胞中的功能。”
环状DNA在细菌和病毒的基因组中十分常见。最近，科学家在人类和植物细胞细胞核中发现了环状DNA，也称为染色体外环状DNA（eccDNA）。
Mehta表示，这种鲜为人知的环状DNA在癌症细胞中也很常见，甚至可能与癌细胞的快速增殖能力有关。
研究人员已经开始研究eccDNA在癌症中的作用，但由于缺乏有效的研究和测序手段，相关的研究进展十分缓慢。
Mehta解释道：“我们设计出一种新的分子生物学方法和一种新的生物信息学算法，最终获得了完整的eccDNA序列。我们的方法最终使我们可以对这些分子进行完整的测序，从而为我们和其他研究人员提供一个工具，来更好地了解eccDNA在细胞中行使的功能。”
Mehta指出，这种新工具对农业科学家来说可能尤其有益，因为许多感染农作物的病毒都有环状DNA。
他说：“比如，我们曾经在肯尼亚进行的田间试验中，使用早期版本的CIDER-Seq，以帮助研究转基因作物抵抗环状DNA病毒的有效性。”
这项研究发表在《自然-实验方法》（Nature Protocols）上，题为“Full-Length Sequencing of Circular DNA Viruses and Extrachromosomal Circular DNA Using CIDER-Seq”（《利用CIDER-Seq对环状DNA病毒和染色体外环状DNA进行全长测序》）。
作者：Katie Willis
翻译：唐儆
审校：巢栩嘉
引进来源：阿尔伯塔大学
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