采取滴灌系统施肥可为准确施肥供给条件，十分显然的提高施肥、灌溉效率，下降生产成本，提高产量、品格，最终提高经济效益。滴灌施肥技巧在全世界广为推广，深受欢迎。
经过滴灌系统施肥，一方面因为可溶肥随着滴灌水直接施入作物根系密积区，作物棵间空地上无任何肥料浪费。另一方面滴灌是以小流量以滴水情势渗入根区，十分容易节制。水、肥均不会有深层淋洗浪费。滴灌施氮，肥效可达74％，而传统施法不会超过30％。
采取滴灌系统施肥的缺陷是有可能堵塞滴头。肥料必须是可溶的，不可溶的肥会迅速堵塞滴头。肥料原料之间化学反应还会产生积淀，时间一长，积淀物会堵塞滴灌系统。施肥均匀度取决于灌溉均匀度，如果滴灌系统均匀度高，则施肥均匀度也高，由此滴灌均匀度是一个十分重要的指标，应该千方百计提高滴灌均匀度：1、精密设计，灌溉系统2、采取压力填补滴头3、在管路的恰当方位加装调压器。
一、化肥的溶解性。
利用滴灌系统施肥，要仔细研究肥料的溶解性。不溶，溶解度低或在某种条件下极易反应，形成积淀的肥料避免选用。
大部分固态化肥包衣。为了避免包衣对滴灌系统产生堵塞，最好选取少量样品放入溶解罐中搅拌，此后察看包衣的溶解情况。如果溶解后包衣物质积淀到罐底，在施用时，让注肥器吸取上层溶液，不要搅动肥料溶液整体。
尿素，硝酸，硝酸钙，硝酸钾溶解时要吸收水中的热量，水的温度大幅下降。此时，溶解量可能达不到恳求量。为了充分溶解，最好让溶液放几个小时，随着温度上升，其余未溶解部分会逐步溶解，此后就可注入系统了。
注入之前，先做观测实验，以便评估堵塞滴头可能性。有些肥料要溶入肥料1-2小时，能力看出是否有积淀形成，积淀量多少。如果溶入水中数小时，溶液仍呈浑沌状，则有可能堵塞滴灌系统。如果数种肥料同时施，应在注入系统之前去取样，以实际比例同时放入察看罐中察看混杂后的溶解情况，此后决定是否同时注入。
二、滴灌系统施氮
氮肥是利用滴灌系统施用最多的肥料。氮肥通常水溶性好，十分容易随着灌溉水滴入泥土而施入到作物根区。但如果节制不当，也很容易产生淋洗丧失。因为滴灌流量小（单滴头：4-8升／小时），节制淋洗损头十分容易做到。如果灌溉，施肥均履行主动节制，则淋洗损头可完全避免。
在所有氮肥中，尿素及硝酸胺最适宜于滴灌施肥。因为施用这两种肥料的堵塞风险最小，氨水通常不推荐滴灌施肥，因为氨水会增长水的PH值。PH值的增长会导致钙、镁、磷在灌溉水中积淀，堵塞滴头。硫酸胺及硝酸钙是水溶性的，但也有堵塞风险。
如果延续施氮，灌溉系统停泵后，灌溉系统中水中仍长期会有氮，这时，氮的存在会滋养微生物在系统中生长，最后堵塞滴头。
三、滴灌施磷
磷在泥土中不象氮那样活泼。通常磷的挥发丧失，淋洗丧失没有氮多。大部分作物生长早期需要磷。所以应在栽种之前或栽种时施用磷肥。在生产阶段如发现缺磷迹象，在灌溉水中注入磷肥，还可弥补磷的不足。
注入磷肥可能会堵塞滴灌系统。因为水与磷肥的反应，水中经常会产生固体积淀，从而引起堵塞。大部分固态磷肥因为溶解度低而不能注入灌溉系统中如：磷氨。一磷酸氨，二磷酸氨三磷酸钾、磷酸、磷酸盐等磷肥是可溶解的。
聚磷氨含钙高，注入灌溉水中经常可引起积淀，有可能会引起堵塞。形成的积淀物十分难溶解，当磷、钙离子在溶液中机会时会形成二价或三价的磷酸钙，这种盐的溶解度很低。同样，磷和镁会形成不溶于水的磷酸镁，易堵塞滴灌系统。
有时要在滴灌系统中注入磷酸。除了是为作物施磷外，还可下降灌溉水的PH值，下降PH值能够避免积淀物产生。下降PH值能够避免积淀物产生。下降PH值的方法还有混杂加入恰当硫酸、磷酸，PH值可下降到小于4.0。但是如果长时间注入磷酸会导致作物缺锌。通常只有在水中钙和镁的组合浓度低于50ppm及碳酸氢盐浓度低于150ppm时才注入。
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