一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命的基因组图的全球计划正在进入一个新的阶段,目前它正从试点项目转向全面测序。地球生物基因组计划(EBP)的这一新阶段以本周发表在《美国国家科学院院刊》上的一组论文为标志,描述了该项目的目标、迄今取得的成就和下一步行动。
据预测,如果不采取行动遏制气候变化和保护全球生态系统的健康,到本世纪末地球将失去50%的生物多样性。为所有已知的真核生物创建DNA序列的数字图书馆,可以帮助防止生物多样性的丧失和病原体的传播、监测和保护生态系统并加强生态系统服务。
EBP工作组主席、加州大学戴维斯分校进化与生态学特聘教授哈里斯-莱文说:“从基础科学到跨越全球问题的突破性应用,如防止生物多样性的丧失和使粮食作物适应气候变化,EBP在真核生物测序方面的进展非常令人鼓舞。现在看来,实现对所有真核生物进行测序的最终目标已经触手可及”。
EBP于2018年11月启动,其目标是提供所有180万种命名的植物、动物和真菌以及单细胞真核生物的完整DNA序列目录。
EBP的前两年,即2018-2020年,为启动阶段。第一阶段的目标是,到2023年,产生约9400个分类科的参考基因组。到目前为止,项目已经产生了大约200个这样的参考基因组,预计到2022年底将完成3000多个分类科的测序、组装和注释,占第一阶段目标的大约三分之一。
截至2021年12月,该项目拥有来自除南极洲外各大洲22个国家44个成员机构的5000名科学家和技术人员,共计有49个附属项目,涵盖了真核生物的大多数主要分类。这些项目会从博物馆藏品和野外生物学家那里获得数以万计的高质量样本。最近,一个来自22个国家的小组展开了非洲生物基因组项目。
前三年的主要活动包括制定和评估标准和战略,组织区域、国家和跨国项目,并通过定期工作委员会会议和年度会议建立机构。
除了负责制定项目标准的国际科学委员会外,EBP还成立了法律和社会问题以及正义、公平和多样性和委员会等。EBP在了解围绕项目的法律和社会问题方面拥有积极立场,这将为生物多样性基因组学界和生物多样性最丰富的国家/地区的原住民提供更多建议。
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